Pour tout remettre à zéro après une période de test, le plus simple et le plus sur, c'est de restaurer la base "vierge" livrée avec l'exécutable. Ainsi tout sera réellement réinitialisé, compteur des numéros de facture, compteur des numéros d'écriture, lignes de facture, lignes des commandes fournisseur et des réceptions de marchandises, stock des produits etc... etc...
Il existe aussi la solution de créer une nouvelle société et de compléter tous les paramètres et toutes les tables mais franchement je crois que c'est mieux de partir avec une base de test car ainsi on est sur que tout est complet et correctement créé.